Мордовник обыкновенный используют в терапии неврологических заболеваний. Применять его можно при частых мигренях, рассеянности внимания, при пониженном иммунитете и хронической усталости.
Средства на основе растения помогают улучшить состояние при лучевой болезни. Мордовник часто применяют в лечении рассеянного склероза.
В народной медицине употребляется в качестве кровоостанавливающего средства. Наружно используют при некоторых кожных заболеваниях.